Gipuzkoan naturaz gozatzeko hainbat eremu daude. Horietako batzuk kontserbazio bereziko eremu izendatzen ari dira egun, baina batzuek aurretik ere badute babesa. Hala, lau parke natural daude: Aralar, Aiako Harria, Pagoeta eta Aizkorri-Aratz. Horrez gain, babestutako hiru biotopo aurki daitezke Gipuzkoan: Leitzaran, Iñurritza eta Deba-Zumaia itsasertza.

Txingudiko badia Hegaztien Babeserako Eremu Berezia da. Horrekin batera, zuhaitz aparta izendaturiko hamar zuhaitz ere badaude lurraldean, ondorengo herrietan: Aian, Aizarnazabalen, Albizturren, Altzon, Arrasaten, Bergaran, Donostian (bi), Getarian eta Hernanin.