Baliarrainen inguruko lehen erreferentziak XIV. mende erdialdekoak dira. Koalizio edo parrokia gisa agertzen da Gaztelako itun eskritura batean.

Altzaga mendiko tontorretik Ibiur errekastoraino jaisten den aldapan dago herria, Orendain, Altzaga, Gaintza eta Legorreta herriez inguratuta. Hain zuzen, Orendain eta Ikaztegietarekin batera, Tolosara batzea erabaki zuen Baliarrainek 1374. urtean. Henrike II.a erregeak ontzat eman zuen batasuna. Tolosaren administrazio babesa baliatu arren, herriko jabego eta ondasunen kudeaketa bere esku mantendu zuen herriak. Lurren antolaketarekin eta mendien ustiaketarekin jarraitu zuen hurrengo urteetan.

Gipuzkoako beste hainbat herrik bezala, 1615ean erabaki zuen Tolosatik bereiztea. Filipe III.a erregeak hiribildu titulua eman zion Baliarraini, zegokion tasa ordainarazi ondoren. 1.300 dukaten truke lortu zuen burujabetza.

Titulu horrek independentzia ekarri zion herriari, baina, horrekin batera, zergapeko obligazioen areagotzea. Horregatik, 1625ean, gastuak gutxitzeko helburuz, Altzo, Abaltzisketa eta Amezketarekin batera biltzar nagusi eta partikularretara ordezkari bakarra bidaltzeko erabakia hartu zuen Baliarrainek. Amezketako Batura deitu zitzaion lau herrien arteko elkarketari.

Enirio-Aralar inguruko mendiak ustiatzeko, Bozue Nagusia izeneko mankomunitatean sartu zen Baliarrain 1625ean. Gaztelako errege Henrike III.ak Joan Amezketari eman zizkion lur horiek 1400. urtean, baina mankomunitateko kideek ez zuten onartu nahi izan egoera hori, eta akordio baten bidez Joan Amezketari berrerosi zion lur eremua. Goierriko beste hainbat herrirekin eta Abaltzisketa, Amezketa, Ikaztegieta eta Orendainekin batera sartu zen Baliarrain Bozue Nagusia mankomunitatean.

Herriaren inguruko erreferentzia zaharrenetakoak garai batean bertan kokatuta zegoen San Joan ermitarenak dira. Arkeolanek 1993an egindako indusketetan topatu zituen desagertutako ermitaren aztarnak. Froga dokumentalak ere topatu zituen: 1653. urtean parrokiako kontu hartzailetzan jasotako agiriak dio parrokiarentzat zein ermitarentzat mila teila erosteko sei dukat ordaindu zirela. Altzagarate eta Baliarrain lotzen zituen bidean zegoen, eta XIX. mende hasiera arte erabili zuten baliarraindarrek. Donostiako gotzainak 1873an agindu zuen ermita hori eraunstea. Ermitakoak ziren zenbait harlandu kontzejupean dagoen frontenisean topa daitezke gaur egun.

Herriko beste eraikin esanguratsua Jasokundearen Andra Mariaren eliza da. Kanpoan 1781. urteko eguzki erlojua du, baita latinez idatzitako plaka bat ere; bertan parrokoak zuzendutako latin eta humanitate katedra egon zela gogorarazten da. Halaber, Eusko Jaurlaritzak monumentu izendatua du Lopetedi baserria, jatorria XVI. mendean duena.

Herriaren tamaina txikiak eraginda, historian arazo ekonomiko ugari izan ditu Baliarrainek. Horrek bultzatuta, 1967an, Ikaztegieta eta Orendain herriekin batu eta Iruerrieta udalerria osatu zuen. Herri horiek 1991n banandu ziren, burujabetza berreskuratuz. Garaitsu berean, Gipuzkoako Foru Aldundiak Ibiurren urtegi berri bat eraikitzea proposatu zuen. Urtegia eraikitzeak kontrako erantzun ugari sorrarazi zituen Baliarraingo biztanle askoren artean. Atzerapen askoren ondoren, 2009an bukatu ziren lanak. Tolosaldeko eta Andoaingo 55.000 pertsonaren ur beharrizanak asetzen ditu urtegiak egun.