Ezkeltzu eta Zarateko Haitza mendien hegoaldeko magalean dago Zizurkil. Gain haietatik beherantz egiten du herriak Oria ibaia aurkitzeraino. Hain justu, Pagamendi gainan topatu zuten trikuharri bat, 1954an, K.a. 2500. eta 1200. artean eraikitakoa. Zarateko Benta izenez bataiatu zuten.

X. eta XI. mendeetan biztanleria sedentarioagoa bihurtu zen, eta leku garaietatik 100-200 metroko kotetara jaisten joan zen. Garai hartakoa da Zizurkilgo lehen aipamen idatzia. 1190. urtean Iruñeko gotzainak Baionakoari idatzitako gutun batean aurkitu dute Zichurchil hitza —Gipuzkoako leku batzuk administratzeko eskubidea eskatu zion eskutitz hartan—.

Erdi Aroan San Millan elizaren inguruan komunitate bat gorpuzten joan zen, eta hierarkikoki mailakatutako gizarte egituran, Ahaide Nagusiek eta herriko Donemillaga familiak lortu zuten nagusigoa. Jauntxoen gehiegikeriak eta orduko krisiak eraginda, Zizurkilek herri handiago baten babesa bilatu zuen, eta 1391n Tolosaren auzo bihurtu zen.

Elkarketa horrek 1615. urtera arte iraun zuen, baina zenbait gorabeherarekin. 1450etik 1475era, zizurkildarrek Donostiarekin bat egin zuten, Tolosari ordaindu beharreko zergak gehiegizkoak zirela iritzita. Urte zailak tokatu zitzaizkion Donostiari, ordea: krisian sartu, eta herri osoa kiskali zuen sute bat jasan zuen. Zizurkilek, berriro, Tolosaren auzo izatea erabaki zuen, esperientzia txar haren ondoren.

XVI. mendea oparoagoa izan zen Zizurkilentzat. Herria hazi egin zen, bai biztanlez, bai aberastasunez, eta Tolosarekiko lehen zalantzak sortzen hasi ziren. Zizurkildarren interesak eta Tolosarenak sarritan ez zetozen bat. Gainera, 1608an Legazpik Seguratik askatzea lortu zuen, eta hori legezko aurrekaria bilakatu zen Zizurkilentzat Tolosatik bereizteko.

1615eko urtarrilean, Gaztelako gortearen altxortegiaren zuloa estaltzeko, Filipe III.ak hiribildu titulua saldu zion Zizurkili, 3.700 dukaten truke. Bat etorri ziren erregearen diru gosea eta ordura arte Tolosaren administraziopean zegoen herri txikiaren burujabetza gogoa.

Hernandorena elkarteak eman du datua: “1615ean etxeko jaun bakoitzak 25 dukat ordaindu behar izan zizkion erregeari, eta, [Pablo] Gorosabelek dioenez, 148 bezino zituen orduan Zizurkilek. Gure kalkuluen arabera, etxe bakoitzean 4 edo 5 lagun bizi zirela kontuan hartuta, esan daiteke garai hartan 600 lagun inguru bizi zirela herrian”.

Burujabetza eskuratu ondoren, 1631n, Batzar Nagusietara ordezkari bakarra bidaltzeko kostuari aurre egin ezinik, Zizurkilek Zubiberria elkartea eratu zuen Amasa eta Anoetarekin batera, eta 1649an Aiztondoko Alkatetza Nagusian batu zen Adunarekin eta Alkizarekin.

XVIII. mende erdi aldean Zizurkilek bere bidea hartu zuen Batzar Nagusietara joateko, laguntzarik gabe. Heldutasun horrek udal ordenantza osatzera eraman zuen, eta orduan eraiki zuen gaur egungo udaletxea. 1768an onartu zuen Zizurkilek bere armarria, eta udalerri moduan erabat osatua geratu zen.